Defense???

03 July 2012 | Beyond Japan, Mylife, Research, SLab

Kemaren, senpai saya, PhD student di lab menjalani sidang disertasi. Sebelum sidang, hari Jum’at pekan sebelumnya, senpai mempresentasikan disertasinya di depan lab member. Senpai saya menyelesaikan PhD nya dalam waktu 2.5 tahun. Proses administrasi untuk submit disertasi memerlukan waktu 6 bulan dan syarat dari universitas untuk submit disertasi harus melampirkan bukti 2 paper yang accepted di International Journal. Senpai saya ini memang super excellent, tercatat 6 paper accepted (2 paper as 1st author dan sisanya as co-author).
Pertanyaannya, bisakah saya, 2 tahun lagi berdiri di depan seperti senpai, mempresentasikan disertasi saya ? Bismillah, bisa bisa, aamiin ya robbal alamin, semangat!!! ^_^

Di lab saya terdapat 4 PhD student, 2 international student (saya dan senpai D3 dari USA) dan 2 Japanese student. Selain Sensei juga terdapat 1 Assistant prof dan 1 Post Doc. Bioinformatics memang asyik dan menarik, memanfaatkan computer science di dalam domain permasalahan biomedical. Saat S1 dan S2, saya belajar secara otodidak untuk bioinformatics, karena di universitas saya  belum ada dosen yang memiliki bidang riset tersebut . Hal ini membuat saya harus mencari referensi sendiri, alhamdulillah bisa berkenalan dengan Pak Anto. Beliau sangat menginspirasi dan membantu saya.

Saat mencoba apply PhD, dengan penuh keyakinan, saya memilih bidang bioinformatics, kenapa? Karena di Indonesia (juga selain dari universitas asal saya)  belum ada researcher yang memiliki spesialisasi dalam bidang tersebut dan saya merasa sangat interest dengan teka teki biomedical. Alhamdulillah, saya diberi kesempatan untuk belajar bioinformatics di SLab. Saat mulai belajar di SLab saya merasa biasa saja, berjalannya waktu, can’t say anything.. Banyak sekali yang harus dipelajari, merasa menjadi student paling tulalit. Saat di Indonesia, riset bioinformatics saya masih sangat dangkal. Di lab saya saat ini, tidak hanya sekedar membuat tool atau software, diharapkan tool atau software tersebut memang bermanfaat dan digunakan dalam biomolekuler. Jadi apa saja tahapannya

1. Mempelajari domain permasalan
2. Menentukan formula matematis
3. Desain - Implementasi Tool
4. Testing dengan simulated data and real data.
5. Launch the tool to the community, public testing
6. Menanggapi feedback yang diberikan oleh community

Mungkin jika dilihat sekilas memang biasa saja, tetapi setiap menjalani step - step tersebut memberikan hal yang baru bagi saya. Mempelajari domain permasalaan biologi, mempelajari secara keseluruhan untuk menemukan sebenarnya apa permasalahannya sehingga mendapatkan intuitive-nya. Setelah itu mencoba menentukan formula matematis untuk memecahkan permasalahan tersebut. Pada tahap ini, benar - benar terasa, apa gunanya belajar kalkulus, aljabar vektor matrix, statistic, bahkan saya merasa, seharusnya saya belajar kalkulus dan statistic dengan kapasitas yang lebih. Trend saat ini memang ke arah stochastic, tidak hanya dalam bioinformatics, tetapi bidang yang lain juga. Life is stochastic not deterministic….

Desain dan implementasi tool, ya… pada tahap ini, desain software (OOAD), analisis algoritma, programming technique benar - benar diuji, hehe. Bukan koding biasa, mengapa? Karena tool ini akan digunakan untuk data biologi dengan size minimal 20GB, bayangkan saja suatu pemilihan statement akan sangat menentukan computational cost. Kita juga harus memiliki kemampuan untuk beradaptasi cepat dengan bahasa pemrograman baru, misalnya untuk mengolah string menggunakan Perl, untuk perhitungan matematis di lempar ke C++, kemudian untuk memanfaatkan biolibrary tertentu menggunakan Phyton.

Testing dengan simulated dan real dataset, real dataset diambil dari hasil sequencing yang jelas penuh dengan noise dan berukuran sangat besar, di sinilah algoritma kita sangat berperan.
Launch to the community, inilah step untuk mengetahui performa tool kita bagi para user. Tool kita di-launch dan di-offer kepada komunitas biomolekuler untuk dicoba, sehingga kita mendapatkan feedback-nya. Feedback mereka digunakan sebagai dasar untuk memperbaiki tool kita.

Teringat dengan kata Postdoc “Afia, submit to the international journal and graduate is easy but don’t only submit garbage papers, you have to develop excellent tool which can help biomolecules if you want to be a top bioinformatician“

Yah…, sensei selalu mengarahkan student-nya untuk develop tool yang akan digunakan dan bermanfaat bagi biomolecules. Serasa super duper anak bawang di lab, baca paper dan koding butuh waktu yang lama, hasil riset pun masih mentah, hasil riset semester satu hanya tersubmit ke conference umum. Alhamdulillah walaupun hanya general conference, yaps yaps…semangat, selalu bersyukur dan bersabar. Sangat bersyukur bisa satu lab dengan sensei yang develop tool PHMMT, COPICAT, dengan senpai yang develop Murasaki, BPLA Kernel …

Teringat kata m daffe, kakak kelas saya saat S1 yang sedang mengambil program PhD di Norway
“Afia, aku tak tahu entah bisa lulus dari program PhD, yang penting saat ini aku selalu berusaha dan yakin bahwa setiap hari aku semakin baik selama menempuh program PhD ini. “
M Daffe yang menurut saya sangat excellent saja, berkata seperti itu. PhD memang berbeda dari master atau undergraduate program, intinya tetap semangat belajar!!!

Teringat kata senpai saya, PhD student di Keio Univ, “Afia, ngeriset tuh kayak bikin kue lapis, dan jumlah lapisnya? Ratusan…lebih…tak terhingga…”

Teringat juga dengan senpai yang mengambil program PhD di Tokyo Univ “Jangan pernah menganggap risetmu paling sulit, harus bersyukur, itu jauh lebih mudah, seandainya bidang penelitianmu mahluk hidup dan tiba - tiba mati di tengah riset, tak ada data yang ter-back up :D”

Everyone has his own challenge, no effort will be vain, yah..yah…semangat!!! Ganbarimasu…

PS : sorry using mixed language : english, indonesian and japanese terms


Leave a Reply