Alhamdulillah hari Jum’at :)

Alhamdulillah, dipertemukan kembali dengan hari Jum’at, hari yang baik, jangan lupa memperbanyak shalawat dan membaca QS Al Kahfi ^_^

–––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––

Nabi shallallahu ‘alaihi wa sallam bersabda :
“Sesungguhnya diantara hari yang paling afdhol bagi kalian adalah hari jum’at, Pada hari itu Adam diciptakan dan diwafatkan,dan pada hari itu akan ditiupkan sangkakala (kiamat), oleh karena itu perbanyaklah membaca sholawat pada hari jum’at, karena sholawat kalian akan disampaikan padaku”. [SHAHIH. HR Abu Daud 1047, An Nasaa-i 3/91, Ibnu Majah 1636, Ahmad 4/8, Ad Darimi 1/369 Ibnu Khuzaimah 16, Al Hakim 1/278, Al Baihaqi 3/248].

–––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––

Dari Abu Umamah, Rasulullah shallallahu ‘alaihi wa sallam bersabda,

أَكْثِرُوا عَلَىَّ مِنَ الصَّلاَةِ فِى كُلِّ يَوْمِ جُمُعَةٍ فَإِنَّ صَلاَةَ أُمَّتِى تُعْرَضُ عَلَىَّ فِى كُلِّ يَوْمِ جُمُعَةٍ ، فَمَنْ كَانَ أَكْثَرَهُمْ عَلَىَّ صَلاَةً كَانَ أَقْرَبَهُمْ مِنِّى مَنْزِلَةً

“Perbanyaklah shalawat kepadaku pada setiap Jum’at. Karena shalawat umatku akan diperlihatkan padaku pada setiap Jum’at. Barangsiapa yang banyak bershalawat kepadaku, dialah yang paling dekat denganku pada hari kiamat nanti. HR. Baihaqi dalam Sunan Al Kubro. Syaikh Al Albani mengatakan bahwa hadits ini hasan ligoirihi –yaitu hasan dilihat dari jalur lainnya-. Lihat Shahih At Targhib wa At Tarhib no. 1673.

–––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––

Nabi shallallahu ‘alaihi wa sallam bersabda :
“Perbanyaklah oleh kamu sholawat kepadaku pada hari jum’at dan malam jum’at, karena barang siapa yang bersholawat kepadaku satu kali (sholawat saja), niscaya Allah bersholawat kepadanya sepuluh kali”. [HASAN SHAHIH. HR Baihaqi 3/249. Di shahihkan oleh Albani dalam Silsilah Ahaadits ash shahiihah no. 1407].

–––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––

مَنْ قَرَأَ سُورَةَ الْكَهْفِ فِى يَوْمِ الْجُمُعَةِ أَضَاءَ لَهُ مِنَ النُّورِ مَا بَيْنَ الْجُمُعَتَيْنِ

“Barangsiapa yang membaca surat Al Kahfi pada hari Jum’at, dia akan disinari cahaya di antara dua Jum’at.” (HR. An Nasa’i dan Baihaqi. Syaikh Al Albani mengatakan bahwa hadits ini shohih sebagaimana dalam Shohihul Jami’ no. 6470)

–––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––

مَنْ قَرَأَ سُورَةَ الْكَهْفِ لَيْلَةَ الْجُمُعَةِ أَضَاءَ لَهُ مِنَ النُّورِ فِيمَا بَيْنَهُ وَبَيْنَ الْبَيْتِ الْعَتِيقِ

“Barangsiapa yang membaca surat Al Kahfi pada malam Jum’at, dia akan disinari cahaya antara dia dan Ka’bah.” (HR. Ad Darimi. Syaikh Al Albani mengatakan bahwa hadits ini shohih sebagaimana dalam Shohihul Jami’ no. 6471)

–––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––

sumber :

[1] Akun Facebook Dita Pramudianti

[2] http://www.kabarislam.com/doa-doa/jangan-lupakan-membaca-surat-al-kahfi-di-hari-jum-at


27 April 2012 | afia | Islam | No Comment | Read More

Tulip Flower Festival

Yokohama Tulip Flower Festival

Alhamdulillah, got an opportunity to see the beauty of tulip flowers. Tulip is my favorite flower ^_^ .
I am sure, that there is a tulip festival in Tokyo, googling and asked my friend, got it, tulip festival in Hamura. Can’t wait to go, I made an invitation to my international friends in Keio Univ. But, Hamura is too far need more than an hour by train. Googling again and got the information from my friend in FB, there is also a Tulip Flower Festival in Yokohama Park, it’s near. Went in the early of morning , spent about 3 hours to take some snaps, and back to the lab.:)

Anyway, still have a dream to visit Keukenhof, Holland :D


22 April 2012 | afia | Beyond Japan, Mylife | No Comment | Read More

Siapa yang paling kamu cintai?

قُلْ إِن كَانَ آبَاؤُكُمْ وَأَبْنَآؤُكُمْ وَإِخْوَانُكُمْ وَأَزْوَاجُكُمْ وَعَشِيرَتُكُمْ وَأَمْوَالٌ اقْتَرَفْتُمُوهَا وَتِجَارَةٌ تَخْشَوْنَ كَسَادَهَا وَمَسَاكِنُ تَرْضَوْنَهَا أَحَبَّ إِلَيْكُم مِّنَ اللّهِ وَرَسُولِهِ وَجِهَادٍ فِي سَبِيلِهِ فَتَرَبَّصُواْ حَتَّى يَأْتِيَ اللّهُ بِأَمْرِهِ وَاللّهُ لاَ يَهْدِي الْقَوْمَ الْفَاسِقِينَ

“Katakanlah: “jika bapak-bapak, anak-anak, saudara-saudara, isteri-isteri, kaum keluargamu, harta kekayaan yang kamu usahakan, perniagaan yang kamu khawatiri kerugiannya, dan tempat tinggal yang kamu sukai, adalah lebih kamu cintai dari Allah dan Rasul-Nya dan dari berjihad di jalan-Nya, maka tunggulah sampai Allah mendatangkan keputusan-Nya”. Dan Allah tidak memberi petunjuk kepada orang-orang yang fasik”. (QS. At Taubah:24)

–––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––

Semua yang nomer satu, semua yang kita sayang, semua yang kita cintai tidak boleh melebihi kecintaan kita terhadap Rabb, pemilik segalanya. Jangan pernah menghambakan pada jabatan, gelar, kekayaan. Jangan mengelu-elukan orang tua ataupun anak yang seolah-olah terbaik tak tertandingi. Suatu saat semua itu akan hilang, diambil pemilik yang sesungguhnya dan tak ada tempat kembali & layak ditinggikan kecuali Allah SWT.

–––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––

Siapa yang paling kamu cintai?

Afia, diinget, diinget, dicamkan baik baik di sepanjang sisa usiamu!!!

beberapa redaksi diambil dari teman saya, Isti.


22 April 2012 | afia | Islam, Mylife | No Comment | Read More

Naive code to calculate N50 in Perl

A critical stage in genome sequencing is the assembly of shotgun reads, or piecing together fragments randomly extracted from the sample, to form a set of contiguous sequences (contigs) representing the DNA in the sample [1]. N50 is one of the quality parametres of genome assembly. N50 indicates the scaffold/contigs length such that 50% of the de novo assembled sequences lies in scaffolds of this size or larger [2].
–––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––
Given a set of sequences of varying lengths, the N50 length is defined as the length N for which half of all bases in the sequences are in a sequence of length L < N. In other words, N50 is the contig length such that using equal or longer contigs produces half the bases of the genome.
The algorithm to calculate N50

  1. Sum the total length of the sequence of contigs
  2. Sort descending the sequence of contigs based on its length
  3. Calculate the sum of the sorted contig so that the sum is more than or same with half of the total length. It is called N50 length, while the N50 value is the length of contig until get the N50 length.

–––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––
This is a naive code in perl to calculate the N50 value. The input is in fasta format, also completed with the assumption that the contigs consist of multiple lines.

#/usr/bin/perl -w
use strict;

my @arr;
my $length;
my $totalLength;
my $seq;
my $file;

$file = $ARGV[0];
open (IN, $file) or die “myfile can’t open -$!”;
$length=0;

while (my $line = ) {

if ($line =~/^>(\w+)/ ) {

if($length!=0) {

$totalLength+=$length;
push(@arr,$length);

}

$length=0;

}

else {

chomp $line;## chomp removes newlines
$seq = $line;
$length+=length($seq);

}

}

$totalLength+=$length;
push(@arr,$length);

close IN;
my @sort = sort {$b <=> $a} @arr;
my $n50;
foreach my $val(@sort){

$n50+=$val;

if($n50 >= $totalLength/2){

print “====================\n”;
print “$file\n”;
print “N50 length is $n50 and N50 value is: $val\n”;
print “Total Length is: $totalLength\n”;
last;

}

}

–––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––
References
[1] Zerbino, D.R., Birney, E., 2008, Velvet: Algorithms for de novo short read assembly using de Bruijn graphs, Genome Research, vol.28, pp.821-829
[2]Namiki, T., Hachiya, T., Tanaka, H., Sakakibara, Y., 2011, MetaVelvet : An extension of Velvet assembler to de novo metagenome assembly from short sequence reads , 2011 ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine, Chicago, IL, USA


22 April 2012 | afia | Research, SLab, Today`s Script | No Comment | Read More

Simple Chicken Nuggets

Got the recipe from my friend, Ega and try to google, combine them. This is the recipe for 40 pieces (approximately 2cmx2cm), it`s so easy, not more than 60 minutes to finish all ^_^

Ingredients

  1. 300 gr minced chicken
  2. 100 ml fresh milk
  3. 50 gr tapioca flour (cassava flour)
  4. 2 eggs for dough, 1 egg for smearing
  5. 1 teaspoon salt
  6. 1/2 teaspoon pepper
  7. 2 tbs fried red onion, crumble
  8. breadcrumb

the nuggets are ready to be kept in the freezer, fried nuggets can be seen in my previous post

Directions

  1. mix all ingredients carefully
  2. bake at 190 degrees celcius for 15 minutes
  3. flip the dough and bake again at the same degree for 15 minutes
  4. slice into pieces, smear with egg and breadcrumb

The nuggets are ready to be fried. You can keep the nuggets in a container box, and put it inside the freezer. Please don`t save too long in your freezer, better to eat all not more than 2 weeks…:D


12 April 2012 | afia | Cooking | No Comment | Read More

Bento malas sedunia…

Headache karena si proposal belum beres,jadinya posting bento malas sebentar … :D
Sejak di Jepang, berhubung susah cari makanan yang boleh dan bisa dimakan di kantin kampus, juga sekaligus penghematan, mau tidak mau (baca:terpaksa) bawa bento. Bento untuk makan siang merangkap makan malam ^_^

Beginilah penampakan bento saya jika sedang dikejar mas deadline, bento malas sedunia (posting bento rajinnya next time :p). Lauknya? fast food, chicken nughet and fried tofu. Chicken nughetnya buat sendiri, tanpa bahan pengawet, yosshhh…
Sayurnya cuma cabbage diiris kecil, ditambah saus, dan dilengkapi buah pisang. Bener bener bento malas sedunia dengan penampakan yang tidak menarik hehe, tapi tetep aja itadakimasu … :D
Bismillaahirrahmaanirrahiim. Allaahumma baarik lanaa fiimaa razaqtanaa waqinaa ‘adzaaban naar


03 April 2012 | afia | Cooking | 3 Comments | Read More